Riigikohtu halduskolleegium rahuldas 19. mail 2020. a haldusasjas 3-18-529/137 osaliselt keskkonnaühenduste ARB ja Eesti Looduskaitse Seltsi kassatsioonkaebuse ning tühistas Rail Balticu trassi Pärnu maakonnaplaneeringu trassilõikude 3A, 4A ja 4H osas. Ülejäänud osas jättis Riigikohus haldus- ja ringkonnakohtu otsused muutmata. Harju ja Rapla maakonnaplaneeringud jäid jõusse.
Riigikohtu halduskolleegiumi sõnul kehtestas riigihalduse minister Pärnu maakonnaplaneeringu õigusvastaselt, kuna välja polnud selgitatud mõju, mida Rail Baltic avaldab trassi kõrval asuvale Luitemaa linnualale. Natura hindamine tuleb teha alati, kui eelhinnangu põhjal ei ole võimalik välistada, et kavandatav tegevus mõjutab oluliselt Natura ala kaitse eesmärke.
Luitemaa linnuala Natura eelhinnangus nimetati mitmeid raudtee võimalikku ebasoodsat mõju leevendavaid meetmeid, sealhulgas näiteks nõuded minimeerida müra ja ajastada ehitustööd väljapoole lindude pesitsusaega. Euroopa Kohus on selgitanud, et Natura eelhindamise etapis, kus otsustatakse Natura hindamise vajalikkuse üle, ei tohi arvestada mõju leevendavate meetmetega. Selliste meetmete arvesse võtmine eelhindamise etapis võib kahjustada loodusdirektiivi kasulikku mõju, kuna tekib oht, et hindamisest hiilitakse kõrvale. Kas ja kuidas on võimalik raudteega kaasnevat mõju leevendada, tuleb välja selgitada just Natura hindamise, mitte eelhindamise etapis.
Keskkonnamõju strateegilise hindamise käigus uuriti küll raudtee mõju must-toonekurgedele, merikotkastele ja metsistele, kuid need uuringud ei asenda Natura hindamist, mis võimaldab selgitada, kas kavandatav tegevus ohustab Luitemaa linnuala terviklikkust ja kaitse eesmärke. Kogutud andmed Luitemaa linnuala loodusväärtuste kohta on lünklikud. Sealjuures pole ammendavalt hinnatud, milline on Luitemaa linnuala kaitse eesmärgiks olevate linnuliikide olukord ja nende elupaikade seisund linnualal tervikuna ning kuidas mõjutaks raudtee linnuala terviklikkust. Natura hindamise aruande järeldused ei tohi sisaldada lünki ning peavad hajutama kõik teaduslikult põhjendatud kahtlused kavandatud tööde mõju suhtes.
Lisaks Luitemaa linnuala kõrvale jääva raudteetrassi lõigule 4A tühistas Riigikohus Pärnu maakonnaplaneeringus ka kaks trassilõiguga 4A ühendatud lõiku (3A ja 4H), et Rahandusministeeriumile jääks piisav kaalumisruum tuvastatud vea kõrvaldamiseks. Pärnu maakonnaplaneeringu tühistamise järel on Rahandusministeeriumil võimalik valida, kas algatada uus või uuendada vana planeerimismenetlus – mõlemal juhul tuleb teha Natura hindamine.
Planeeringu võib kehtestada juhul, kui nõuete järgi tehtud Natura hindamise tulemusel on võimalik veenduda, et kavandatav raudtee ei kahjusta Natura ala terviklikkust ega kaitse eesmärke. Kui Luitemaa Natura hindamise tulemustest nähtub, et raudtee võib Luitemaa linnuala terviklikkust kahjustada, on Vabariigi Valitsusel keskkonnamõju hindamise ja keskkonnajuhtimissüsteemi seaduse järgi siiski võimalus kehtestada Pärnu maakonnaplaneering ka kavandatud kujul. Vabariigi Valitsus võib seda teha juhul, kui alternatiivseid lahendusi pole ning raudtee rajamine on vajalik avalikkuse jaoks esmatähtsatel ja erakordselt tungivatel põhjustel.
Tulenevalt riigikohtu otsusest kaalub rahandusministeerium koostöös teiste ministeeriumitega esmajärjekorras Pärnu maakonnaplaneeringu uuendamist, mille raames viiakse läbi Rail Balticu trassi ehitamiseks asjakohane mõjude hindamine Luitemaa Natura ala piirkonnas.
